司马氏被灭族的原因是多方面的，主要包括以下几点：

政治斗争和权力争夺

司马家族在掌握权力后，为了巩固自己的地位，大肆封王，导致权力纷争和内患。特别是“八王之乱”期间，诸王之间为了争夺中央最高权力，发生了一系列的相互残杀和战争，给人民带来了巨大的灾难。

道德沦丧和人心丧失

司马家族在篡位过程中表现出了无信、无义、无忠的行为，违背了儒家的礼义廉耻，开创了权臣弑君的先河。这种道德沦丧导致社会风气败坏，人心丧失，最终引发了广泛的不满和反抗。

统治集团内部问题

司马家族在统治期间，内部腐败严重，政治黑暗，导致生产破坏，人民流离失所，社会矛盾激化。

民族矛盾和外部压力

司马家族在篡夺曹魏政权后，未能带来长治久安，反而引来了外族的入侵，如五胡乱华，导致中华民族遭受了深重的灾难。

刘裕的清算

刘裕在代晋建立刘宋后，为了消除后患，诛杀了司马懿后代的所有人，甚至包括几乎所有姓“司马”的人。刘裕的行为被认为是“私报公仇”，同时也是为了巩固自己的统治地位。

综上所述，司马家族的灭族是多种因素共同作用的结果，包括政治斗争、道德沦丧、统治集团内部问题、民族矛盾和外部压力，以及刘裕的清算。这些因素共同导致了司马家族最终的悲惨结局。