锦旗与旌旗的含义有以下区别：

作用不同

锦旗：主要用于表彰、鼓励或感谢某单位或个人在竞赛或生产劳动中的先进或特殊事迹。它是一种单面旗子，通常用彩色绸缎制成，并授予优胜者或团体，以表达敬意和谢意。

旌旗：是指作为旗帜用的所有旗子，用途广泛，包括军队中的战旗、庆典中的旗帜等。旌旗在古代多用于军队行军、驻扎、皇家出行和庆典等场合，以壮大声势。

意义不同

锦旗：象征着荣誉和认可，通常用于表彰个人或团体的优秀表现和特殊贡献。

旌旗：则更多地象征着权力、地位和威严，古代用于标识军队和将领，现代则多用于庆典和仪式等场合。

用途不同

锦旗：用途较为单一，主要用于表彰和感谢。

旌旗：用途广泛，包括军队、庆典、仪式等多种场合。

综上所述，锦旗和旌旗在作用、意义和用途上均有明显的区别。锦旗主要用于表彰和感谢，而旌旗则用途更为广泛，包括军队和庆典等场合。