药师兜和大蛇丸的实力对比是一个复杂且多维度的问题， 难以给出一个明确的结论。以下是一些关键点的分析：

秽土转生之术

药师兜声称自己的秽土转生之术超越了大蛇丸，但大蛇丸凭借自己的知识解开了尸鬼封尽，秽土转生出了历代火影，这一点上大蛇丸显得更为厉害。

仙人模式

药师兜掌握了仙人模式，这是大蛇丸一直追求但未能完全掌握的力量。药师兜在忍界大战前期能够独自与带土谈判，依靠的就是仙人模式和秽土转生。

身体改造和知识继承

药师兜通过改造身体，能够承受仙人之力，这是大蛇丸前几个版本所不具备的能力。此外，药师兜继承了大蛇丸的研究和实验成果，包括多种忍者细胞和强大的忍术，使得他的实力在后期达到了一个新的高度。

实战表现

在大蛇丸被佐助杀死之前，大蛇丸的实力是强于药师兜的。但在佐助吞噬大蛇丸后，药师兜得到了大蛇丸的力量，并在后续的剧情中表现出了强大的实力，包括秽土转生出大量忍者。

综合以上几点，可以看出药师兜在仙人模式和秽土转生之术上具有明显优势，而大蛇丸在理论知识、实验成果以及对查克拉的深刻理解上仍然具有不可替代的地位。因此， 两人的实力对比难以简单判断，可能在不同情境下有所胜负。

建议：

如果从仙人模式和秽土转生之术的角度来看，药师兜可能更为强大。

如果从理论知识和对查克拉的深刻理解来看，大蛇丸仍然具有优势。

在实际战斗中，两人的胜负可能取决于多种因素，包括战斗环境、对手的实力和策略等。