当手机系统漏洞导致员工违规时，公司可以采取一系列措施来处理这个问题。以下是一些建议：

立即修复漏洞

公司应尽快组织技术团队对漏洞进行修复，以防止进一步的损失或安全威胁。

调查原因

对事件进行深入调查，了解漏洞是如何被利用的，以及员工的具体行为。这有助于确定责任归属，并为未来预防类似事件提供依据。

纪律处分

根据公司政策和劳动合同，对涉事员工进行纪律处分。这可能包括警告、记过、降职、解雇等，具体处分取决于员工的行为严重程度和公司的规章制度。

经济赔偿

如果员工的行为给公司造成了经济损失，公司有权要求员工赔偿损失。可以从员工的工资中扣除赔偿金，或者根据劳动合同的约定采取其他措施。

法律途径

如果损失过大或员工拒绝赔偿，公司可以考虑通过法律途径解决问题。可以收集证据并报警，涉嫌职务侵占罪的员工可能会面临刑事责任。

加强内部培训

对全体员工进行安全意识培训，特别是关于手机系统漏洞和网络安全的培训，以提高员工的安全意识和防范能力。

完善安全政策

审查和完善公司的安全政策，确保有明确的规定和流程来处理此类事件，并防止未来发生类似情况。

监控和审计

加强内部和外部的安全监控和审计，及时发现和修复潜在的安全漏洞，确保系统的安全性和稳定性。

通过以上措施，公司可以有效地处理手机系统漏洞导致的员工违规行为，并采取措施防止未来发生类似事件。