始祖山上的主要庙宇是轩辕庙，这座庙宇是为了纪念人文始祖轩辕黄帝而建立的。根据文献记载，轩辕庙位于河南省新郑市千户寨乡始祖山（具茨山）主峰顶上，尽管创建年代不详，但它祀奉的是轩辕黄帝，这是华夏民族的共同祖先。

轩辕庙的建筑风格为歇山式，坐西向东。历史上，该庙宇的位置曾有过变动，但清乾隆四十一年（1776年）的《新郑县志》明确记载轩辕庙位于县西大隗山巅。此外，清康熙三十二年（1693年）和顺治已亥年（1695年）的县志也都有相同的记载。

2000年7月，河南省人民政府将始祖山上的轩辕庙等景点列为省级重点文物保护单位。2001年，这里还被公布为全国侨联爱国主义教育基地。2000年，具茨山黄帝文化旅游区被评为国家AAA级旅游区，同时也是国家级森林公园。

综合以上信息，可以确定始祖山上的主要庙宇是轩辕庙，它不仅是黄帝文化的象征，也是游客了解中华民族历史文化的重要场所。