关于《爱丽丝学园》的大结局，综合漫画和动画的官方信息整理如下：

一、主要角色结局

蜜柑

失去记忆后，蜜柑被软禁在迷宫栋4个月，期间枣、流架等人试图唤醒她的记忆。最终在圣诞节解除封印后，蜜柑恢复了记忆并与枣相认，两人互诉衷肠并承诺永远相爱。

枣

始终陪伴蜜柑寻找记忆碎片，最终与蜜柑团聚并共同面对未来。部分剧情暗示枣可能继续为学院承担秘密。

小莹

为拯救枣而失踪，记忆部分恢复后与哥哥一起踏上寻找她的旅程。最终两人相遇并澄清误会，决定成为永远的朋友。

其他角色

萤：

漫画中与蜜柑有重要互动，但结局未明确提及。部分推测认为她可能继续进行科研工作。

初等部校长：因恶行被揭露而倒台，但具体细节未详细说明。

二、作品状态

漫画：当前连载至115话，剧情包含更多细节且未完结。

动画：TV版仅推出第一季，结局可能采用类似漫画的开放式处理，具体细节存在差异。

三、结局争议点

动画结尾三人关系略显模糊，但漫画已明确表明蜜柑与枣的恋人关系。

部分观众认为结局存在“大瞎”的可能性，建议通过漫画阅读完整故事。

综上，官方结局以蜜柑与枣的团聚为核心，但部分角色（如小莹、萤）的后续发展仍留有悬念。