南京驾照扣两分后，如果已经通过网上学习完成， 不需要去车管所处理。具体依据如下：

网上学习完成即可：

驾驶证网络教育完成后不需要去车管所办理手续，只要网上学习教育完成了就可以。

审核通过通知：

上审验教育完成后，车管所将会对申请人的学习记录进行审核，审核通过后会发送提示短信，通知申请人审验学习已经完成，不再需要到窗口办理任何手续。

因此，如果您的驾照扣了两分，并且已经通过网上学习完成，您不需要去车管所进行额外处理。但请注意，您仍需按时缴纳罚款，并在记分周期结束时确保分数清零。