在《双星物语2》中，谜之宝箱的作用主要体现在以下几个方面：

收集要素：

玩家可以在游戏中找到并收集谜之宝箱，这些宝箱中可能包含各种有价值的物品，如炸弹、时钟等。

评价与奖励：

将收集到的谜之宝箱交给博物馆的柜台人员（有时是鉴定员，有时是女招待）进行评价，根据评价可以获得食物、金钱等奖励。在二周目中，收集到全部48个谜之宝箱可以获得额外的奖励，如500000元和第四行食物各一个。

提升猎人等级：

将谜之宝箱卖给博物馆可以获得金钱，这些金钱可以用来提升猎人的等级和获得其他奖励。

特殊功能：

某些谜之宝箱中的物品具有特殊功能，例如炸弹可以炸坏迷宫里的大岩石和各种炮台，时钟可以显示现实世界的时间，迷宫要求可以显示该迷宫可以破坏的罐子总数和被击次数等信息。

宠物获得：

在博物馆2楼最左上边，将机器人四个零件收集齐全后交给博物馆，可以获得宠物。

G模式：

竞技场战胜超人后获得的奖励物品——ﾚベﾙプﾚｰﾄG，可以用来将迷宫或BOSS变成30级（暂时的，退出迷宫后等级会恢复原样），在这种模式下，怪物等级提高，掉落的物品也会更加丰富，包括高级食物和手办等。

综上所述，谜之宝箱在《双星物语2》中不仅是收集和评价的对象，还可以通过交给博物馆获得各种奖励和提升猎人的能力。建议玩家在探索游戏时留意这些宝箱，以充分利用它们的价值。