自动化专业和控制理论与控制工程专业在多个方面存在明显的区别：

定义与目标

自动化专业：以电子技术、通信技术、计算机技术等为基础，通过机械、仪器、电气、液压、气动等技术手段实现制造过程的自动化，主要目标是提高生产效率、降低人力投入成本、避免人为失误，并提供标准化的、高品质的产品或工艺。

控制理论与控制工程专业：利用自动化、信息、电子、计算机等理论，设计能够达到预期目标或性能的系统，重点关注控制系统的稳定可靠性和响应速度，并尽可能使之快速、准确地响应外部环境的变化。

课程设置

自动化专业：课程包括电路、电机、过程控制等，侧重于培养学生的工程实践能力。

控制科学与工程专业：课程包括系统建模、控制理论、优化算法等，更偏向于基础理论和方法。

研究方向

自动化专业：涉及工业、农业、交通等领域，毕业生通常从事自动化设备设计、系统集成等工作。

控制科学与工程专业：包括优化控制、线性非线性控制、模糊控制、多变量状态控制、混合系统控制、神经元控制网络、人工智能等研究方向，毕业生更倾向于从事科研、教学等工作。

研究生阶段名称

自动化专业：研究生阶段的名字是控制科学与工程，控制科学与工程是一个一级学科，自动化是其中的一个具体应用方向。

控制理论与控制工程专业：俗称双控，是控制科学与工程这个一级学科下属的二级学科。

就业形势

自动化专业：由于现代社会对自动化技术的需求不断增加，因此自动化专业毕业生的就业形势相对较好。

控制科学与工程专业：由于其较为偏向理论研究，因此就业形势相对较为严峻。

总结：

自动化专业和控制理论与控制工程专业虽然都属于工程领域，但它们在定义、目标、课程设置、研究方向、研究生阶段名称以及就业形势等方面存在明显的区别。自动化专业更侧重于实际应用和工程实践，而控制科学与工程专业则更偏向于基础理论和方法。