周伯通在第一次华山论剑后，受师兄王重阳的托付，准备将《九阴真经》藏起来。他计划将上卷藏妥后，身上带了下卷经文，要送到南方雁荡山去收藏。然而，在途中他遇到了黄药师夫妇，黄药师夫妇用计骗取了《九阴真经》下部的经文，导致下半部经书被周伯通撕毁。周伯通后来意识到被骗，于是去找黄药师理论。最终，黄药师的妻子冯氏因默写九阴真经心力憔悴而死，黄药师一怒之下将周伯通困在了桃花岛上。

尽管周伯通在桃花岛上被困了十五年，但他并没有放弃，而是自创了“空明拳”和“双手互搏术”。在郭靖的帮助下，周伯通最终得到了《九阴真经》的下册，并且不知不觉中学完了下册的内容。他们最终离开了桃花岛，开始了新的闯荡生涯。

因此，周伯通并没有将《九阴真经》的上卷藏在某个特定的地方，而是随身携带，最终因为一场骗局而下落不明。