林语堂晚节不保的原因主要 与他担任南洋大学校长期间的一些行为有关。具体来说，有以下几点：

贪腐问题：

林语堂晚年被认为很贪腐，违背了南洋大学创办的本质，导致企业家的资金迟迟不到位，最终他不得不拿南洋大学的遣散费辞去了校长一职。

违背南洋大学创办原则：

林语堂在担任南洋大学校长期间，被指控把自己的亲戚都安排了学校要职，这违背了南洋大学创办时的初衷和原则。

这些行为导致林语堂在国人眼中的形象受损，从而有人用“晚节不保”来形容他。不过，也有人对这些指控持不同看法，认为林语堂并非如此。

综上所述，林语堂晚节不保的主要原因是他被指控在担任南洋大学校长期间存在贪腐行为，并违背了学校的创办原则。