神奇宝贝小智抓火箭队的结局如下：

小智发现火箭队失去作恶能力

小智发现火箭队被绑在树上，火箭队提出帮助小智混入道馆的条件以换取自由。小智为了拿到徽章，答应了这件事，但随后发生了香水失窃和道场大火的事件，所幸小智最终帮忙解决了问题，并得到了馆主的赞赏和徽章。

火箭队再次被小智打败

火箭队趁小智睡觉时抓住了他和皮卡丘，试图用机器提取皮卡丘的电力。然而，小智的宝可梦们发现了危险，展开反击，成功解救了皮卡丘并打败了火箭队。火箭队的装置也被破坏，玛夏多没有出现。火箭队被抛向天空，大喊着“我们是火箭队，又要升天了!”。

火箭队解散

在拉帝亚思的帮助下，火箭队再次被小智一行人击飞。面对失败，火箭队变得心灰意冷，开始互相指责，并最终在一场大吵之后宣布就地解散。这个结局让期待好结局的观众心碎不已，也为火箭队的努力感到不舍。

综合以上信息，可以得出结论：在神奇宝贝小智的故事中，火箭队最终被小智和他的宝可梦们打败并解散。虽然火箭队最终退场，但他们在故事中的表现仍然让人印象深刻。