苏格拉底被指控的罪名主要有以下三个：

不敬城邦的神：

苏格拉底被指控不信仰雅典城邦所敬奉的神明，而是另立了新的神祇。

破坏城邦的习俗：

苏格拉底的行为被认为破坏了雅典城邦的传统习俗和信仰。

毒害青少年：

苏格拉底被指控凭借自身的思想迷惑了雅典的年轻一代，对他们产生了不良影响。

这些罪名反映了当时雅典社会对苏格拉底哲学思想的敌意和担忧。尽管苏格拉底最终被判处死刑，但他的思想和精神对后世产生了深远的影响，使他成为西方哲学史上的一位重要人物。