申请QQ时使用手机发送短信的原因主要有以下几点：

安全性：

通过手机短信验证可以确保用户提供的手机号码是真实有效的，这有助于提高QQ号的安全性和服务质量。手机短信验证可以防止恶意注册，比如一人注册多个QQ号码，从而保护号码资源不被浪费。

便捷性：

使用手机发送短信验证无需用户记住复杂的账号密码，只需通过手机验证码即可完成注册，这更加快捷，可以节省用户的时间和精力。

防止滥用：

由于申请QQ号码的人数众多，号码资源有限，通过短信验证可以防止一人申请多个账号用于其他非法用途，或者同时多次申请造成号码资源浪费，从而减轻回收系统的负担。

初始安全验证：

在注册QQ时，填写的手机号码会被当做初始安全手机号，可以证明用户是该QQ的初始所有人，这有助于QQ的安全管理。

辅助程序自动申请：

有时为了辅助程序的自动申请，避免不必要的QQ号码浪费，也会要求通过手机发送短信进行验证。

综上所述，申请QQ时使用手机发送短信主要是为了确保注册过程的安全性、便捷性和防止号码资源的浪费。